RDKit
Open-source cheminformatics and machine learning.
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Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
- a -
a :
RDKit::DrawColour
,
RDKit::RascalMCES::RascalClusterOptions
,
RDKit::RDTypeTag::detail::Value
A_i :
ForceFields::MMFF::MMFFVdW
a_ij :
ForceFields::MMFF::MMFFHerschbachLaurie
abbrev :
RDKit::Abbreviations::AbbreviationMatch
abbreviation :
RDKit::Deprotect::DeprotectData
acceptFailure :
RDDepict::ConstrainedDepictionParams
acidbaseData :
RDKit::MolStandardize::CleanupParameters
acidbaseFile :
RDKit::MolStandardize::CleanupParameters
AcidicAtoms :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
AcidityLimit :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
activeAtmIdxOffset_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
activeBndIdxOffset_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
addAtomIndices :
RDKit::MolDrawOptions
addBondIndices :
RDKit::MolDrawOptions
addCoords :
RDKit::MolOps::AddHsParameters
addFP :
RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceFPHitSet
additionalAtomLabelPadding :
RDKit::MolDrawOptions
additionalOutput :
RDKit::FingerprintFuncArguments
addResidueInfo :
RDKit::MolOps::AddHsParameters
addStereoAnnotation :
RDKit::MolDrawOptions
addStereoGroupAnnotation :
RDKit::MolDrawOptions
adjustCharges :
RDKit::MolStandardize::MetalDisconnectorOptions
adjustConjugatedFiveRings :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustDegree :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustDegreeFlags :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustHeavyDegree :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustHeavyDegreeFlags :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustMolBlockWedging :
RDDepict::ConstrainedDepictionParams
adjustRingChain :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustRingChainFlags :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustRingCount :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustRingCountFlags :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustSingleBondsBetweenAromaticAtoms :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
adjustSingleBondsToDegreeOneNeighbors :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
agents :
RDKit::MarvinReaction
agentWeight :
RDKit::ReactionFingerprintParams
aid :
RDDepict::EmbeddedAtom
aid1 :
RDKit::DGeomHelpers::Bounds
,
RDKit::DGeomHelpers::Path14Configuration
aid2 :
RDKit::DGeomHelpers::Path14Configuration
aid3 :
RDKit::DGeomHelpers::Path14Configuration
aid4 :
RDKit::DGeomHelpers::Bounds
,
RDKit::DGeomHelpers::Path14Configuration
aIdx :
RDKit::SubstanceGroup::AttachPoint
align_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawAnnotation
alignCoordinates :
RDKit::MolzipParams
alignment :
RDKit::RGroupDecompositionParameters
alignOnly :
RDDepict::ConstrainedDepictionParams
allBestMCESs :
RDKit::RascalMCES::RascalOptions
allBondsExplicit :
RDKit::SmilesWriteParams
allCarbonRadii :
RDKit::GaussianShape::ShapeInputOptions
allHsExplicit :
RDKit::SmilesWriteParams
allowAromaticBondType :
RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
,
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
allowAtomAliases :
RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
allowAtomBondClashExemption :
RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation
,
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
allowCXSMILES :
RDKit::v1::SmartsParserParams
,
RDKit::v1::SmilesParserParams
,
RDKit::v2::ReactionParser::ReactionSmartsParserParams
,
RDKit::v2::SmilesParse::SmartsParserParams
,
RDKit::v2::SmilesParse::SmilesParserParams
allowDativeBondType :
RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
,
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
allowDummies :
RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
allowEmptyMolecules :
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
,
RDKit::MolStandardize::RDKitValidation
allowEnhancedStereo :
RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
,
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
allowLongBondsInRings :
RDKit::MolStandardize::Layout2DValidation
,
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
allowMultipleCoresInSameMol :
RDKit::RGroupDecompositionParameters
allowMultipleRGroupsOnUnlabelled :
RDKit::RGroupDecompositionParameters
allowNonTerminalRGroups :
RDKit::RGroupDecompositionParameters
allowQueries :
RDKit::MolStandardize::FeaturesValidation
allowRGroups :
RDDepict::ConstrainedDepictionParams
Alpha :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
alpha_i :
ForceFields::MMFF::MMFFVdW
alpha_inc_used :
RDKit::StructureCheck::IncEntry
AlphaInc :
RDKit::StructureCheck::IncEntry
AlphaPathTable :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
ang1_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArc
ang2_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArc
angle :
DistGeom::ZMatrix::InternalCoordinateReference
,
RDDepict::EmbeddedAtom
angle1 :
RDKit::MolDraw2D_detail::LinePair
angle2 :
RDKit::MolDraw2D_detail::LinePair
angle_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeArrow
angleRef :
DistGeom::ZMatrix::InternalCoordinateReference
angles :
ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails
,
RDKit::DGeomHelpers::InternalCoordinates
annotationColour :
RDKit::MolDrawOptions
annotationFontScale :
RDKit::MolDrawOptions
annotations_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
ApplyMask :
RDKit::RDValue
ApplyPtrMask :
RDKit::RDValue
approxSimilarityAdjuster :
RDKit::SynthonSpaceSearch::SynthonSpaceSearchParams
arom :
ForceFields::MMFF::MMFFProp
aromaticMatchesConjugated :
RDKit::SubstructMatchParameters
aromaticMatchesSingleOrDouble :
RDKit::SubstructMatchParameters
aromatizeIfPossible :
RDKit::MolOps::AdjustQueryParameters
arrow :
RDKit::MarvinReaction
at1Cds_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShapeDashedWedge
at2AtomicNum :
ForceFields::UFF::InversionContribsParams
atCds_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
atIdx_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::AtomSymbol
atno :
ForceFields::MMFF::MMFFProp
atom :
RDKit::Canon::canon_atom
,
RDKit::Canon::MolStackUnion
,
RDKit::MarvinAttachmentPoint
,
RDKit::MolDraw2D_detail::LinePair
atom1_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape
atom1Label :
RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
atom1Type :
RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
atom2_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawShape
atom2Label :
RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
atom2Type :
RDKit::MolFragmenter::FragmenterBondType
AtomAcidity :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
atomClashLimit :
RDKit::MolStandardize::PipelineOptions
atomColourPalette :
RDKit::MolDrawOptions
AtomCompareCalls :
RDKit::FMCS::ExecStatistics
AtomCompareParameters :
RDKit::MCSParameters
atomCounts :
RDKit::AdditionalOutput
AtomFunctorCalls :
RDKit::FMCS::ExecStatistics
atomHighlightsAreCircles :
RDKit::MolDrawOptions
atomicNums_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
atomIdx :
DistGeom::ZMatrix::ZMatrixRow
,
RDKit::MolDraw2D_detail::SGroupDataLabel
atomIdxs :
RDKit::MacroMolLeavingGroup
atomLabelDeuteriumTritium :
RDKit::MolDrawOptions
atomLabels :
RDKit::MolDrawOptions
atomLabels_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
atomMapNumber :
RDKit::Canon::AtomCompareCode
atomMapping :
RDKit::SubsetInfo
AtomMatchTable :
RDKit::FMCS::Target
atomNoteColour :
RDKit::MolDrawOptions
atomNums :
ForceFields::CrystalFF::CrystalFFDetails
atomPairs :
RDKit::FilterMatch
atomProperties :
RDKit::SubstructMatchParameters
atomProperty :
RDKit::MolzipParams
atomRadii :
RDKit::GaussianShape::ShapeInputOptions
atomRefs2 :
RDKit::MarvinBond
atomRegions :
RDKit::MolDrawOptions
Atoms :
RDKit::FMCS::MolFragment
,
RDKit::StructureCheck::Neighbourhood
atoms :
RDKit::GaussianShape::CustomFeature
,
RDKit::MarvinMolBase
,
RDKit::MarvinStereoGroup
atomsPerBit :
RDKit::AdditionalOutput
atomSubset :
RDKit::GaussianShape::ShapeInputOptions
AtomSymbol :
RDKit::StructureCheck::AugmentedAtom
,
RDKit::StructureCheck::IncEntry
,
RDKit::StructureCheck::Ligand
atomSymbols :
RDKit::MolzipParams
atomSyms_ :
RDKit::MolDraw2D_detail::DrawMol
atomToBits :
RDKit::AdditionalOutput
AtomTyper :
RDKit::MCSParameters
attachAtomIdx :
RDKit::MacroMolLeavingGroup
attachmentPoints :
RDKit::MarvinSuperatomSgroup
attachments :
RDKit::RGroupData
attachPoint :
RDKit::MacroMolLeavingGroup
AugmentedAtomPairs :
RDKit::StructureCheck::StructCheckerOptions
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