typedefs.hpp

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#ifndef typedefs_h
#define typedefs_h
// #include "Eigen/src/Core/DenseBase.h"
#include "Eigen/SparseCore" //also includes core
// #include "Eigen/Sparse"
// #include "Eigen/Dense"
// #include <Eigen/Sparse>
// #include <Eigen/Dense>
 
 
 
 
typedef float coefficient_type;
typedef float spectra_type;
 
// Sheaf requires boundary matrices as real numbers
// Others take advantage of integer storage efficiency,
//  this allows an easy toggle between. (if using int, sheaf will fail to compile)
// typedef int storage;
typedef float storage;
typedef Eigen::SparseMatrix<storage, Eigen::ColMajor> SparseMatrix_storage;
 
typedef Eigen::SparseMatrix<coefficient_type, Eigen::ColMajor> SparseMatrix_PL;
typedef Eigen::Matrix<coefficient_type, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> DenseMatrix_PL;
typedef Eigen::Matrix<spectra_type, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> SparseMatrix_spectra_PL;
typedef Eigen::Matrix<spectra_type, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> DenseMatrix_spectra_PL;
typedef Eigen::Matrix<spectra_type, Eigen::Dynamic, 1> spectra_vec;
 
typedef Eigen::SparseMatrix<int, Eigen::ColMajor> SparseMatrixInt;
typedef Eigen::SparseMatrix<double, Eigen::ColMajor> SparseMatrixDouble;
typedef Eigen::SparseMatrix<float, Eigen::ColMajor> SparseMatrixFloat;
 
 
typedef double filtration_type; // TODO: single precision
typedef int index_type; // TODO: change from int to uint
 
 
 
//TODO: remove PRUNE_CONSTANT or determine a justified value
#define PRUNE_CONSTANT 0.0000001
 
 
#endif