LICENSE
README.md
pyproject.toml
syndoku/__init__.py
syndoku/__main__.py
syndoku/cli.py
syndoku.egg-info/PKG-INFO
syndoku.egg-info/SOURCES.txt
syndoku.egg-info/dependency_links.txt
syndoku.egg-info/entry_points.txt
syndoku.egg-info/requires.txt
syndoku.egg-info/top_level.txt
syndoku/benchmarks/__init__.py
syndoku/benchmarks/analyse.py
syndoku/benchmarks/check_abs.py
syndoku/benchmarks/check_problem.py
syndoku/benchmarks/check_result.py
syndoku/benchmarks/experiment_setting.py
syndoku/benchmarks/load_data.py
syndoku/benchmarks/make_abs.py
syndoku/benchmarks/mod_network_control.py
syndoku/benchmarks/rc_utils.py
syndoku/benchmarks/reaction_patterns.py
syndoku/benchmarks/kegg/__init__.py
syndoku/benchmarks/kegg/__main__.py
syndoku/benchmarks/kegg/analyze_m00001.py
syndoku/benchmarks/kegg/build_m00001.py
syndoku/benchmarks/kegg/run_m00001.py
syndoku/benchmarks/kegg/query/__init__.py
syndoku/benchmarks/kegg/query/kegg_api.py
syndoku/benchmarks/kegg/query/kegg_extract.py
syndoku/benchmarks/kegg/query/kegg_impute.py
syndoku/benchmarks/kegg/query/kegg_parse.py
syndoku/benchmarks/milp/__init__.py
syndoku/benchmarks/milp/__main__.py
syndoku/benchmarks/milp/compare_results.py
syndoku/benchmarks/milp/run_nog.py
syndoku/benchmarks/nog/__init__.py
syndoku/benchmarks/nog/__main__.py
syndoku/benchmarks/nog/analyze_nog.py
syndoku/benchmarks/nog/extend_nog.py
syndoku/benchmarks/nog/generate_nog.py
syndoku/benchmarks/nog/run_ablation.py
syndoku/benchmarks/nog/run_reaction_enriched.py
syndoku/chem/__init__.py
syndoku/chem/conservation_law.py
syndoku/chem/elements.py
syndoku/chem/formula.py
syndoku/chem/pool.py
syndoku/chem/reaction.py
syndoku/chem/template.py
syndoku/chem/utils.py
syndoku/models/__init__.py
syndoku/models/domain.py
syndoku/models/molecule.py
syndoku/models/problem.py
syndoku/models/problem_analysis.py
syndoku/models/problem_builder.py
syndoku/models/problem_io.py
syndoku/models/problem_view.py
syndoku/models/result.py
syndoku/models/rule.py
syndoku/models/search_state.py
syndoku/propagation/__init__.py
syndoku/propagation/composition_poset.py
syndoku/propagation/domain_pruner.py
syndoku/propagation/formula_pruning.py
syndoku/propagation/mass_index.py
syndoku/propagation/mass_pruning.py
syndoku/search/__init__.py
syndoku/search/letter_selector.py
syndoku/search/tuple_constraint.py
syndoku/solvers/__init__.py
syndoku/solvers/backtrack.py
syndoku/solvers/exhaustive.py
syndoku/solvers/factory.py
syndoku/solvers/milp.py
syndoku/solvers/partial.py
syndoku/symmetry/__init__.py
syndoku/symmetry/base.py
syndoku/symmetry/detection.py
syndoku/symmetry/dominance.py
syndoku/symmetry/nogood.py
syndoku/symmetry/orbits.py
syndoku/symmetry/symmetry_breaking.py
syndoku/templates/__init__.py
syndoku/templates/applicability.py
syndoku/templates/backend.py
syndoku/utils/__init__.py
syndoku/utils/log_helpers.py
syndoku/utils/trace.py
syndoku/validation/__init__.py
syndoku/validation/atom_balance.py
syndoku/validation/base.py
syndoku/validation/template_validation.py
tests/test_cli.py