# F0 queries for the GO + human GAF store (bench/gaf_to_nt.py; regime rdfs + go_prop.txt).
# Prefixes: obo = http://purl.obolibrary.org/obo/, go = http://pynmms.dev/go/,
# up = http://identifiers.org/uniprotkb/. Gene products: TP53 = up:P04637, BRCA1 = up:P38398,
# CYP2D7 = up:A0A087X1C5, WDR91 = up:A4D1P6.

# --- atomic: asserted annotations, propagated annotations, ontology axioms, misses ---
<up:P04637 go:enables obo:GO_0003677>
<up:P04637 go:enables obo:GO_0003676>
<up:P04637 go:enables obo:GO_0005488>
<up:P04637 go:enables obo:GO_0003674>
<up:P04637 go:located_in obo:GO_0005634>
<up:P04637 go:located_in obo:GO_0043226>
<up:P04637 go:located_in obo:GO_0005575>
<up:P04637 go:enables obo:GO_0005634>
<up:P04637 go:involved_in obo:GO_0003677>
<up:P38398 go:enables obo:GO_0003677>
<up:P38398 go:enables obo:GO_0005488>
<up:P38398 go:located_in obo:GO_0005634>
<up:P04637 a go:GeneProduct>
<obo:GO_0003677 rdfs:subClassOf obo:GO_0003676>
<obo:GO_0003677 rdfs:subClassOf obo:GO_0003674>
<obo:GO_0003677 rdfs:subClassOf obo:GO_0008150>
<obo:GO_0005634 rdfs:subClassOf obo:GO_0043226>
<up:nobody go:enables obo:GO_0003677>

# --- pattern: witnesses over the hierarchy and the annotation records ---
<{ up:P04637 go:enables _:c . _:c rdfs:subClassOf obo:GO_0003676 }>
<{ up:P04637 go:located_in _:c . _:c rdfs:subClassOf obo:GO_0005739 }>
<{ _:a go:gene_product up:P04637 . _:a go:class obo:GO_0003677 . _:a go:evidence "IDA" }>
<{ _:a go:gene_product up:P04637 . _:a go:class obo:GO_0003677 . _:a go:evidence "NAS" }>
<{ _:g go:not_enables obo:GO_0070330 . _:g go:enables obo:GO_0070330 }>

# --- logical: conditionals and disjunctions over the closure ---
<up:P04637 go:enables obo:GO_0003677> -> <up:P04637 go:enables obo:GO_0005488>
<up:P04637 go:enables obo:GO_0005488> -> <up:P04637 go:enables obo:GO_0003677>
<up:P04637 go:located_in obo:GO_0005634> | <up:P04637 go:located_in obo:GO_0005576>
<up:P04637 go:located_in obo:GO_0005576> | <up:P04637 go:located_in obo:GO_0009986>
(<up:P04637 go:enables obo:GO_0003677> & <up:P04637 go:enables obo:GO_0003700>) -> (<up:P04637 go:enables obo:GO_0005488> | <up:P04637 go:enables obo:GO_0016301>)
<up:Q_new go:enables obo:GO_0003677> => <up:Q_new go:enables obo:GO_0005488>
<up:Q_new go:enables obo:GO_0003677> => <up:Q_new go:enables obo:GO_0003674> & <up:Q_new go:enables obo:GO_0003676>
<up:Q_new go:located_in obo:GO_0005634> => <up:Q_new go:enables obo:GO_0003677>

# --- material: the curators' NOT as defeater and as incompatibility (entries file) ---
material: <up:A0A087X1C5 go:enables obo:GO_0016712> => <up:A0A087X1C5 go:enables obo:GO_0070330>
material: <up:A0A087X1C5 go:enables obo:GO_0070330>
material: <up:A4D1P6 go:involved_in obo:GO_0006511>
material: <up:A4D1P6 go:involved_in obo:GO_0042176> => <up:A4D1P6 go:involved_in obo:GO_0006511>
material: <up:A4D1P6 go:involved_in obo:GO_0042176> => <up:A4D1P6 go:involved_in obo:GO_0009057>
material: <up:P04637 go:enables obo:GO_0003700> => <up:P04637 go:located_in obo:GO_0005634>
material: <up:Q_tf go:enables obo:GO_0003700> => <up:Q_tf go:located_in obo:GO_0005634>
material: <up:Q_tf go:enables obo:GO_0003700>, <up:Q_tf go:not_located_in obo:GO_0005634> => <up:Q_tf go:located_in obo:GO_0005634>
