connectivity | index /home/orient/pydpi/drug/connectivity.py

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The calculation of molecular connectivity indices based on its topological
structure. You can get 44 molecular connectivity descriptors. You can freely
use and distribute it. If you hava any problem, you could contact with us timely!
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
Date: 2012.09.18
Email: oriental-cds@163.com
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Modules
`` |  |
rdkit.Chem | numpy | rdkit.Chem.rdchem |

Functions
`` |  | CalculateChi0(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 0 ---->Chi0 Usage: result=CalculateChi0(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi1(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 1 (i.e.,Radich) ---->Chi1 Usage: result=CalculateChi1(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi10p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 10 ---->Chi10 Usage: result=CalculateChi10p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi2(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 2 ---->Chi2 Usage: result=CalculateChi2(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi3c(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for cluster ---->Chi3c Usage: result=CalculateChi3c(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi3ch(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 3 ---->Chi3ch Usage: result=CalculateChi3ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi3p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 3 ---->Chi3 Usage: result=CalculateChi3p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi4c(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for cluster ---->Chi4c Usage: result=CalculateChi4c(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi4ch(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 4 ---->Chi4ch Usage: result=CalculateChi4ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi4p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 4 ---->Chi4 Usage: result=CalculateChi4p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi4pc(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path/cluster ---->Chi4pc Usage: result=CalculateChi4pc(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi5ch(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 5 ---->Chi5ch Usage: result=CalculateChi5ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi5p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 5 ---->Chi5 Usage: result=CalculateChi5p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi6ch(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for cycles of 6 ---->Chi6ch Usage: result=CalculateChi6ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi6p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 6 ---->Chi6 Usage: result=CalculateChi6p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi7p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 7 ---->Chi7 Usage: result=CalculateChi7p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi8p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 8 ---->Chi8 Usage: result=CalculateChi8p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChi9p(mol) `################################################################# Calculation of molecular connectivity chi index for path order 9 ---->Chi9 Usage: result=CalculateChi9p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv0(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 0 ---->Chiv0 Usage: result=CalculateChiv0(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv1(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 1 ---->Chiv1 Usage: result=CalculateChiv1(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv10p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 10 ---->Chiv10 Usage: result=CalculateChiv10p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv2(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 2 ---->Chiv2 Usage: result=CalculateChiv2(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv3c(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for cluster ---->Chiv3c Usage: result=CalculateChiv3c(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv3ch(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for cycles of 3 ---->Chiv3ch Usage: result=CalculateChiv3ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv3p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 3 ---->Chiv3 Usage: result=CalculateChiv3p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv4c(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for cluster ---->Chiv4c Usage: result=CalculateChiv4c(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv4ch(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for cycles of 4 ---->Chiv4ch Usage: result=CalculateChiv4ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv4p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 4 ---->Chiv4 Usage: result=CalculateChiv4p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv4pc(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path/cluster ---->Chiv4pc Usage: result=CalculateChiv4pc(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv5ch(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for cycles of 5 ---->Chiv5ch Usage: result=CalculateChiv5ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv5p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 5 ---->Chiv5 Usage: result=CalculateChiv5p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv6ch(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for cycles of 6 ---->Chiv6ch Usage: result=CalculateChiv6ch(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv6p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 6 ---->Chiv6 Usage: result=CalculateChiv6p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv7p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 7 ---->Chiv7 Usage: result=CalculateChiv7p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv8p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 8 ---->Chiv8 Usage: result=CalculateChiv8p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateChiv9p(mol) `################################################################# Calculation of valence molecular connectivity chi index for path order 9 ---->Chiv9 Usage: result=CalculateChiv9p(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChi0(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chi0v and chi0 ---->dchi0 Usage: result=CalculateDeltaChi0(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChi1(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chi1v and chi1 ---->dchi1 Usage: result=CalculateDeltaChi1(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChi2(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chi2v and chi2 ---->dchi2 Usage: result=CalculateDeltaChi2(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChi3(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chi3v and chi3 ---->dchi3 Usage: result=CalculateDeltaChi3(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChi3c4pc(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chi3c and chi4pc ---->knotp Usage: result=CalculateDeltaChi3c4pc(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChi4(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chi4v and chi4 ---->dchi4 Usage: result=CalculateDeltaChi4(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDeltaChiv3c4pc(mol) `################################################################# Calculation of the difference between chiv3c and chiv4pc ---->knotpv Usage: result=CalculateDeltaChiv3c4pc(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateMeanRandic(mol) `################################################################# Calculation of mean chi1 (Randic) connectivity index. ---->mchi1 Usage: result=CalculateMeanRandic(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value #################################################################` GetConnectivity(mol) `################################################################# Get the dictionary of connectivity descriptors for given moelcule mol Usage: result=GetConnectivity(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a dict form containing all connectivity indices #################################################################`

Data
`` |  | Version = 1.0 periodicTable = <rdkit.Chem.rdchem.PeriodicTable object>