molproperty | index /home/orient/pydpi/drug/molproperty.py

`##############################################################################
Calculation of Molecular physical/chemical properties based on some special
type of approaches(6), including: LogP; LogP2; MR; TPSA, UI and Hy.You can
freely use and distribute it. If you hava any problem, you could contact
with us timely!
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
Date: 2012.09.18
Email: oriental-cds@163.com
##############################################################################`

Modules
`` |  |
rdkit.Chem | rdkit.Chem.Crippen | rdkit.Chem.MolSurf | math

Functions
`` |  | CalculateHydrophilicityFactor(mol) `################################################################# Calculation of hydrophilicity factor. The hydrophilicity index is described in more detail on page 225 of the Handbook of Molecular Descriptors (Todeschini and Consonni 2000). ---->Hy Usage: result=CalculateHydrophilicityFactor(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateMolLogP(mol) `################################################################# Cacluation of LogP value based on Crippen method ---->LogP Usage: result=CalculateMolLogP(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateMolLogP2(mol) `################################################################# Cacluation of LogP^2 value based on Crippen method ---->LogP2 Usage: result=CalculateMolLogP2(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateMolMR(mol) `################################################################# Cacluation of molecular refraction value based on Crippen method ---->MR Usage: result=CalculateMolMR(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateTPSA(mol) `################################################################# calculates the polar surface area of a molecule based upon fragments Algorithm in: P. Ertl, B. Rohde, P. Selzer Fast Calculation of Molecular Polar Surface Area as a Sum of Fragment-based Contributions and Its Application to the Prediction of Drug Transport Properties, J.Med.Chem. 43, 3714-3717, 2000 Implementation based on the Daylight contrib program tpsa. ---->TPSA Usage: result=CalculateTPSA(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateUnsaturationIndex(mol) `################################################################# Calculation of unsaturation index. ---->UI Usage: result=CalculateUnsaturationIndex(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateXlogP(mol) `################################################################# Calculation of Wang octanol water partition coefficient. ---->XLogP Usage: result=CalculateXlogP(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` CalculateXlogP2(mol) `################################################################# Calculation of Wang octanol water partition coefficient (XLogP^2). ---->XLogP2 Usage: result=CalculateMolLogP(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a numeric value. #################################################################` GetMolecularProperty(mol) `################################################################# Get the dictionary of constitutional descriptors for given moelcule mol Usage: result=GetMolecularProperty(mol) Input: mol is a molecule object. Output: result is a dict form containing 6 molecular properties. #################################################################`

Data
`` |  | MolecularProperty = {'Hy': <function CalculateHydrophilicityFactor>, 'LogP': <function CalculateMolLogP>, 'LogP2': <function CalculateMolLogP2>, 'MR': <function CalculateMolMR>, 'TPSA': <function CalculateTPSA>, 'UI': <function CalculateUnsaturationIndex>} Version = 1.0