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The calculation of molecular topological indices based on its topological
structure. You can get 25 molecular topological descriptors. You can freely
use and distribute it. If you hava any problem, you could contact with us timely!
Authors: Dongsheng Cao and Yizeng Liang.
Date: 2012.09.18
Email: oriental-cds@163.com
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Modules
`` |  |
rdkit.Chem rdkit.Chem.GraphDescriptors | numpy rdkit.Chem.rdchem | scipy |

Functions
`` |  | CalculateArithmeticTopoIndex(mol) `################################################################# Arithmetic topological index by Narumi ---->Arto Usage: result=CalculateArithmeticTopoIndex(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateBalaban(mol) `################################################################# Calculation of Balaban index in a molecule ---->J Usage: result=CalculateBalaban(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateBertzCT(mol) `################################################################# A topological index meant to quantify "complexity" of molecules. Consists of a sum of two terms, one representing the complexity of the bonding, the other representing the complexity of the distribution of heteroatoms. From S. H. Bertz, J. Am. Chem. Soc., vol 103, 3599-3601 (1981) ---->BertzCT(log value) Usage: result=CalculateBertzCT(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateDiameter(mol) `################################################################# Calculation of diameter, which is Largest value in the distance matrix [Petitjean 1992]. ---->diametert Usage: result=CalculateDiameter(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateGeometricTopoIndex(mol) `################################################################# Geometric topological index by Narumi ---->Geto Usage: result=CalculateGeometricTopoIndex(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateGraphDistance(mol) `################################################################# Calculation of graph distance index ---->Tigdi(log value) Usage: result=CalculateGraphDistance(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateGutmanTopo(mol) `################################################################# Calculation of Gutman molecular topological index based on simple vertex degree ---->GMTI(log value) Usage: result=CalculateGutmanTopo(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateHarary(mol) `################################################################# Calculation of Harary number ---->Thara Usage: result=CalculateHarary(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateHarmonicTopoIndex(mol) `################################################################# Calculation of harmonic topological index proposed by Narnumi. ---->Hato Usage: result=CalculateHarmonicTopoIndex(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateIpc(mol) `################################################################# This returns the information content of the coefficients of the characteristic polynomial of the adjacency matrix of a hydrogen-suppressed graph of a molecule. 'avg = 1' returns the information content divided by the total population. From D. Bonchev & N. Trinajstic, J. Chem. Phys. vol 67, 4517-4533 (1977) ---->Ipc(log value) Usage: result=CalculateIpc(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateMZagreb1(mol) `################################################################# Calculation of Modified Zagreb index with order 1 in a molecule ---->MZM1 Usage: result=CalculateMZagreb1(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateMZagreb2(mol) `################################################################# Calculation of Modified Zagreb index with order 2 in a molecule ---->MZM2 Usage: result=CalculateMZagreb2(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateMeanWeiner(mol) `################################################################# Calculation of Mean Weiner number in a molecule ---->AW Usage: result=CalculateWeiner(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculatePetitjean(mol) `################################################################# Calculation of Petitjean based on topology. Value of (diameter - radius) / diameter as defined in [Petitjean 1992]. ---->petitjeant Usage: result=CalculatePetitjean(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculatePlatt(mol) `################################################################# Calculation of Platt number in a molecule ---->Platt Usage: result=CalculatePlatt(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculatePoglianiIndex(mol) `################################################################# Calculation of Poglicani index The Pogliani index (Dz) is the sum over all non-hydrogen atoms of a modified vertex degree calculated as the ratio of the number of valence electrons over the principal quantum number of an atom [L. Pogliani, J.Phys.Chem. 1996, 100, 18065-18077]. ---->DZ Usage: result=CalculatePoglianiIndex(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculatePolarityNumber(mol) `################################################################# Calculation of Polarity number. It is the number of pairs of vertexes at distance matrix equal to 3 ---->Pol Usage: result=CalculatePolarityNumber(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateQuadratic(mol) `################################################################# Calculation of Quadratic index in a molecule ---->Qindex Usage: result=CalculateQuadratic(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateRadius(mol) `################################################################# Calculation of radius based on topology. It is :If ri is the largest matrix entry in row i of the distance matrix D,then the radius is defined as the smallest of the ri [Petitjean 1992]. ---->radiust Usage: result=CalculateRadius(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateSchiultz(mol) `################################################################# Calculation of Schiultz number ---->Tsch(log value) Usage: result=CalculateSchiultz(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateSimpleTopoIndex(mol) `################################################################# Calculation of the logarithm of the simple topological index by Narumi, which is defined as the product of the vertex degree. ---->Sito Usage: result=CalculateSimpleTopoIndex(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateWeiner(mol) `################################################################# Calculation of Weiner number in a molecule ---->W Usage: result=CalculateWeiner(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateXuIndex(mol) `################################################################# Calculation of Xu index ---->Xu Usage: result=CalculateXuIndex(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateZagreb1(mol) `################################################################# Calculation of Zagreb index with order 1 in a molecule ---->ZM1 Usage: result=CalculateZagreb1(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` CalculateZagreb2(mol) `################################################################# Calculation of Zagreb index with order 2 in a molecule ---->ZM2 Usage: result=CalculateZagreb2(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a numeric value #################################################################` GetTopology(mol) `################################################################# Get the dictionary of constitutional descriptors for given moelcule mol Usage: result=CalculateWeiner(mol) Input: mol is a molecule object Output: result is a dict form containing all topological indices. #################################################################`

Data
`` |  | Version = 1.0 periodicTable = <rdkit.Chem.rdchem.PeriodicTable object>