AUTHORS
LICENSE
MANIFEST.in
README.md
setup.py
bin/sierralocal
htmlview/HTMLMaker.py
htmlview/__init__.py
sierralocal/__init__.py
sierralocal/hivdb.py
sierralocal/jsonwriter.py
sierralocal/main.py
sierralocal/nucaminohook.py
sierralocal/score_alg.py
sierralocal/updater.py
sierralocal/utils.py
sierralocal.egg-info/PKG-INFO
sierralocal.egg-info/SOURCES.txt
sierralocal.egg-info/dependency_links.txt
sierralocal.egg-info/requires.txt
sierralocal.egg-info/top_level.txt
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sierralocal/bin/minimap2.darwin
sierralocal/bin/minimap2.linux
sierralocal/bin/nucamino-darwin-386
sierralocal/bin/nucamino-darwin-amd64
sierralocal/bin/nucamino-linux-386
sierralocal/bin/nucamino-linux-amd64
sierralocal/bin/nucamino-windows-386.exe
sierralocal/bin/nucamino-windows-amd64.exe
sierralocal/bin/postalign
sierralocal/bin/postalign.darwin
sierralocal/bin/postalign.linux
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sierralocal/data/HIVDB_9.8.xml
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sierralocal/data/apobec_drms.json
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sierralocal/data/genotype-properties.csv
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sierralocal/data/mutation-type-pairs_hiv1.csv
sierralocal/data/rx-all_subtype-all.csv
sierralocal/data/sdrms_hiv1.csv
tests/test_hivdb.py
tests/test_jsonwriter.py
tests/test_main.py
tests/test_nucaminohook.py
tests/test_score_alg.py
tests/test_subtyper.py
tests/test_updater.py
tests/test_utils.py