Metadata-Version: 2.4
Name: ridvanvladi
Version: 0.1.1
Summary: A pure Python implementation of the MUSCLE Multiple Sequence Alignment (MSA) algorithm
Author-email: Bioinformatics Student <student@university.edu>
Classifier: Programming Language :: Python :: 3
Classifier: License :: OSI Approved :: MIT License
Classifier: Operating System :: OS Independent
Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Bio-Informatics
Requires-Python: >=3.7
Description-Content-Type: text/markdown

# RidvanVladi (MUSCLE Çoklu Dizi Hizalaması)

**RidvanVladi**, biyoinformatik projeleri için geliştirilmiş, **MUSCLE** (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) Çoklu Dizi Hizalaması algoritmasının Python uygulamasıdır.

---

## 🧬 Algoritma Özellikleri

*   **k-mer Mesafesi Hesaplama**: Diziler arasındaki benzerliği hizalama yapmadan hızlıca tahmin eder.
*   **UPGMA Rehber Ağacı**: Mesafe matrisini ikili bir rehber ağaca dönüştürerek birleşme sırasını belirler.
*   **Log-Expectation (LE) Skoru**: İki profil sütununun benzerliğini sütun doluluk oranlarına (occupancy) ve Bayesian sözde sayımlarına (pseudo-counts) göre puanlar.
*   **Dinamik Konum-Özgü Boşluk Cezası**: Hizalama esnasında boşluk cezalarını sütunların boşluk oranlarına göre dinamik olarak ölçeklendirir.

---

## 🚀 Kurulum (Installation)

Paketi internet üzerinden doğrudan indirmek için:

```bash
pip install ridvanvladi
```

---

## 💻 Kullanım (Usage)

### Komut Satırı Arayüzü (CLI)

```bash
# Otomatik dizi türü tespitiyle hizalama yapma
python -m ridvanvladi sample_dna.fasta

# Çıktıyı dosyaya kaydetme
python -m ridvanvladi sample_dna.fasta -o cift_hizali.fasta
```

### Python API Kullanımı

```python
from ridvanvladi import Aligner

sequences = ["HELLOMWORLD", "HELLOMWLD", "HELOMWORLD"]
aligner = Aligner(seq_type="protein")
aligned = aligner.align(sequences)

for seq in aligned:
    print(seq)
```
