LICENSE
README.md
pyproject.toml
setup.cfg
setup.py
inMOTIFin.egg-info/PKG-INFO
inMOTIFin.egg-info/SOURCES.txt
inMOTIFin.egg-info/dependency_links.txt
inMOTIFin.egg-info/not-zip-safe
inMOTIFin.egg-info/requires.txt
inMOTIFin.egg-info/top_level.txt
inmotifin/__init__.py
inmotifin/__main__.py
inmotifin/modules/__init__.py
inmotifin/modules/data/__init__.py
inmotifin/modules/data/background.py
inmotifin/modules/data/frequencies.py
inmotifin/modules/data/groups.py
inmotifin/modules/data/motif.py
inmotifin/modules/data/positions.py
inmotifin/modules/prepare/__init__.py
inmotifin/modules/prepare/backgrounder.py
inmotifin/modules/prepare/dimerer.py
inmotifin/modules/prepare/frequencer.py
inmotifin/modules/prepare/grouper.py
inmotifin/modules/prepare/markover.py
inmotifin/modules/prepare/motifer.py
inmotifin/modules/prepare/setupper.py
inmotifin/modules/prepare/shuffler.py
inmotifin/modules/sample/__init__.py
inmotifin/modules/sample/backgroundsampler.py
inmotifin/modules/sample/frequencysampler.py
inmotifin/modules/sample/inminscheme.py
inmotifin/modules/sample/inserter.py
inmotifin/modules/sample/motifinstancer.py
inmotifin/modules/sample/positioner.py
inmotifin/modules/sample/sampler.py
inmotifin/organizer/__init__.py
inmotifin/organizer/controller.py
inmotifin/organizer/main.py
inmotifin/organizer/summarizer.py
inmotifin/utils/__init__.py
inmotifin/utils/baseutils.py
inmotifin/utils/config_args.py
inmotifin/utils/dagsim_out_utils.py
inmotifin/utils/mathutils.py
inmotifin/utils/sequtils.py
inmotifin/utils/fileops/__init__.py
inmotifin/utils/fileops/reader.py
inmotifin/utils/fileops/writer.py
inmotifin/utils/paramsdata/__init__.py
inmotifin/utils/paramsdata/backgroundparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/basicparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/dimerparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/freqparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/groupparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/motifparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/positionparams.py
inmotifin/utils/paramsdata/samplingparams.py