#!/bin/bash

rapidtide \
    --spatialfilt 3 \
    --nprocs -1 \
    --searchrange -7.5 30 \
    --simcalcrange 50 -1 \
    --graymattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_GRAY \
    --brainmask sub-RAPIDTIDETEST_brainmask.nii.gz \
    --whitemattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_WHITE \
    --csfmask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_CSF \
    --nofitfilt \
    --outputlevel max \
    --showtimings \
    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST

rapidtide \
    --spatialfilt 3 \
    --nprocs -1 \
    --searchrange -7.5 30 \
    --simcalcrange 50 -1 \
    --graymattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_GRAY \
    --brainmask sub-RAPIDTIDETEST_brainmask.nii.gz \
    --whitemattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_WHITE \
    --csfmask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_CSF \
    --nofitfilt \
    --outputlevel max \
    --showtimings \
    --preppass \
    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_preppass

rapidtide \
    --spatialfilt 3 \
    --nprocs -1 \
    --searchrange -7.5 30 \
    --simcalcrange 50 -1 \
    --graymattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_GRAY \
    --brainmask sub-RAPIDTIDETEST_brainmask.nii.gz \
    --whitemattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_WHITE \
    --csfmask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_CSF \
    --nofitfilt \
    --outputlevel max \
    --showtimings \
    --sharpenregressor \
    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_sharpen

rapidtide \
    --spatialfilt 3 \
    --nprocs -1 \
    --searchrange -7.5 30 \
    --simcalcrange 50 -1 \
    --graymattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_GRAY \
    --brainmask sub-RAPIDTIDETEST_brainmask.nii.gz \
    --whitemattermask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_WHITE \
    --csfmask sub-RAPIDTIDETEST_synthseg.nii.gz:SSEG_CSF \
    --nofitfilt \
    --outputlevel max \
    --showtimings \
    --preppass \
    --sharpenregressor \
    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_preppass_sharpen

